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交付申請は以下の流れで行います。交付申請の基本的な流れは以下の通り。このうち、申請者（中小企業・小規模事業者等）が行うアクションは黒枠部分。
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▼IT導入支援事業者による「申請マイページ」招待▼
申請事業者情報入力
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交付申請時に必要となる添付資料は以下の通り。
| 実在証明署 | 履歴事項全部証明書（発行から3ヶ月以内のもの） |
| 事業継続確認書類 | 税務署の窓口で発行された直近分の法人税の納税証明書（「その1」 もしくは「その2」) |
| 実在証明署 | （有効期限内の）運転免許証もしくは運転経歴証明書もしくは住民票 （発行から3ヶ月以内のもの） |
| 事業継続確認書類1 | 税務署の窓口で発行された直近分の所得税の納税証明書（「その 1」もしくは「その2」) |
| 事業継続確認書類2 | 税務署が受領した直近分の確定申告書Bの控え |
＜確定申告書は、税務署が受領したことが分かるもののみを対象とする＞ ・ 確定申告書第一表の控えに収受日付印が押印されていること。 （税務署においてe-Taxにより申告した場合は、受付日時が印字されていること。） ・ 自宅からのe-Taxによる申告の場合は「受信通知（メール詳細）」を添付すること。 ・ 収受日付印（税務署においてe-Taxにより申告した場合は、受付日時の印字）又は受信通知（メール詳細）のいずれも存在しない場合は、提出する確定申告書類の年度の納税証明書（その２所得金額用）を提出することで代替することができる。その場合、納税証明書の添付の際に、納税証明書（その２所得金額用）を添付すること。 ※ なお、税理士（税理士法人を含む）の印のみが押印された書類は適切な添付資料として取り扱わない。
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